动力学系列之五－虚拟筛选
作者:dddc_redsnow 整理时间:2006-05-15
上次发了系列四的能量计算后，不少朋友pm我，既然可以用多个大分子构象计算能量曲线，反过来是否可以用一个大分子对小分子数据库做类似dock, gold那种虚拟筛选那？答案是可以的，不过这个要通过脚本来实现，虽然也有一个程序，但是那个程序是我写给ddgrid这个工程的，这半年暂时不能放出来，年底给大家共享（主要原因是怕阿）。言归正传，不过这个脚本也可实现一样的功能，就是时间上慢一些，空间上占用多一点，以前在别的地方放过早期的版本，这次放一个完全版，而且包含了我们常用的参数设置。虽然和动力学这个系列关系不是非常紧密，但是在进行多个阳性物对比动力学的时候结合上一个脚本可以把大量工作简单化。废话少说，放东西先：
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主程序, 由于论坛屏蔽原因，我用了替代字符，而且好像总是砍掉我的字符啊
不得不分开发，请大家见谅
"&&"请转换为"EOF"后使用
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//准备文件
#!/bin/sh
receptor=receptor.mol2
rec=${receptor%.mol2}
mol2topdbqs $receptor
for ligand in `cat mol2.list`
do
lig=${ligand%.mol2}
deftors $ligand <<&&
//选项
1
c
c
&&
#if(-z ${lig}.pdbq) then
# deftors $ligand <<&&
# a
# 1
# c
# c
# &&
#endif
#vi ${lig}.pdbq << &&
#:%s/ Br/ b /g
#:%s/ Cl/ c /g
#wq
#&&
//continue
//第一步
modhalogen ${lig%.mol2}.pdbq > temp_pdbq
mv temp_pdbq ${lig%.mol2}.pdbq
mkgpf3 ${lig%.mol2}.pdbq ${rec}.pdbqs
mkdpf3 ${lig%.mol2}.pdbq ${rec}.pdbqs
vi ${rec}.gpf <<&&
:%s/npts 60 60 60/npts 80 80 80/g
:wq
&&
//第二步
vi ${lig}.${rec}.dpf <<EOF
:%s/tstep 2.0/tstep 0.2/g
:%s/qstep 50.0/qstep 5.0/g
:%s/dstep 50.0/dstep 5.0/g
:%s/ga_num_evals 250000/ga_num_evals 1500000/g
:wq
&&
//第三步 autogrid3 -p ${rec}.gpf -l ${rec}.glg echo epdb ${lig}.pdbq > ${lig}.${rec}.epdb.com echo stop >> ${lig}.${rec}.epdb.com autodock3 -p ${lig}.${rec}.dpf -l ${lig}.${rec}.epdb.log -c < ${lig}.${rec}.epdb.com #autodock3 -p ${lig}.${rec}.dpf -l ${lig}.${rec}.epdb.log -c log.list vi log.list <<&& :%s/\.\///g :wq &&
//循环总结
for result in `cat log.list`
do
score_list.awk $result >> score_list
done
rm -f log.list
sort -r +1n score_list >sort_list
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辅助awk
----------------------------------------------------------------------------------------------------------------
#!～root/bin/gawk -f
BEGIN{
name=ARGV[1]
split(name,array,".")
}
{
if($0 ~ /Estimated Free Energy of Binding/)
{print array[1]" "$9" " $10}
}
linux的朋友可以直接把这个脚本放到/sh/bin目录下，然后设置autodock的环境变量，直接可以执行了。
顺便说一句，这个脚本不能改变金属的选择，而且注释的地方是根据不同需要可以使用的。好累啊，这么分开发帖子，以后一定写在文件里面上传
明天要出去玩了，回来把前一时间做的膜蛋白的一些流程和辅助工具和大家共享
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