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动力学系统之二－amber基础篇
作者:dddc_redsnow 整理时间:2006-05-15
上次写了一个，结果一下在因为发贴的原因丢了，加上最近忙的要命，不过还是吃完饭干活前，静下心写一下amber，amber远比gromacs要复杂(不过还比不上charmm，估计第一次看charmm脚本的人一定觉得自己选错了行当，类fortran的语言加上自创的格式，唉，又是一段心酸的往事...)。我把amber分成两部分讲，第一部分讲基础，第二部分讲应用。这里先讲第一部分。
1. 关于整体概括. amber的文件格式有三种最为重要：top, crd and pdb。pdb可以生成top and crd, top and crd也可以转换成pdb，这些都是ascii码文件，可以手动编辑(这也是DNA+Protein时候有时不得不作的事情，巨大的工作量)。top文件中是拓扑文件，相当于gromacs的top，不过直接把lib的参数搞过来，不要再调用lib了。crd文件是坐标和速度文件，类似于gro文件，pdb不用我说了吧。
2. amber中的概念: 所有的单元从原子，小分子，残基，碱基等等一直到大分子都是unit，熟悉C++,JAVA的朋友想一下object就理解了，amber的xleap的操作就像一个外包体，利用object的独立性进行关联，组合或者分拆object, 实现不同的功能，每一个unit都是独立单元。而标准的氨基酸，碱基就像class，你自己的蛋白就是object。每个class对应多个有自己名字的object。这些都是在xleap中实现的，xleap就是利用这种关系来导入，修改蛋白或者DNA/RNA。
3. amber自带gaff力场（比gromacs那个网页算的小分子正规多了），适用于大部分有机小分子，当然修改力场文件可以让你获得更多的支持，尤其是特殊的原子比如说卤素，金属原子。电荷是采用的resp拟和，而不是原子的partial charge，这个的优点见JACS的原始文献，不再赘述，主要是考虑极化。
4. 通过xleap搞定了大分子，小分子，水，溶剂离子，跑得时候就是sander了，当然8以后的pmemd是更好的选择，不过只能跑pme方式的动力学。
5. 轨迹文件amber做的不好，太大，没有压缩。断点续跑也不如gromacs，半个坐标的情况时有出现，只见原子叉叉满天飞啊，那叫一个壮观。分析工具首推ptraj（不是我推的，是他们，我个人喜欢carnal），加各种辅助工具可以实现gromacs的各种功能。
6. 优点： 上次说过了，轨迹稳定，重复性好，可信度高。有些朋友非要跑出个地动山摇，惊涛骇浪的轨迹，不推荐您使amber，估计等到它跑到那一天，您也毕业了。缺点：真的打算用amber吗，打算跑10ns吗？打算有什么特别有意思的想法吗？恭喜您，您可以考虑买硬盘了。amber的存储量大概是1ns->1.5GB, 如果想发一个好一点的文章，阐述一个精细的机理，没有10条轨迹搞不定的，算算是多少硬盘....我的一个题平均120G轨迹。
洋洋洒洒写了这么多，不过amber的真正强大之处还不在这里，它的强大在于它的应用广泛，有着各种的“人无我有，人有我精”的套件，下次我在应用篇里面详细讲一下
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来源：BioLover原创
人气： 编辑：hoyoyo
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