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Gene Construction Kit 2.0 β3β4β5使用问题
作者:hoyoyo 整理时间:2005-09-05
Gene Construction Kit 2.0β3β4β5(GCK)软件本身带有教学文件，详细描述如何一步一步制作一个克隆过程。大家可以按照要求练习一下。本文根据自己在使用中的实践，对该软件的使用做一补充，对一些可能会存在的问题做一介绍，如有错误，请指出。如果你有问题，无论有无解决方法，请联系作者。由于写本文时作者只用过β3，软件公司的邮件表明β4β5并无多大改变，因此对β4β5应该差不多。
首先建议大家在做实验前先用这个软件虚拟克隆一下，免得出现原来以为有的位点处理后没有了，而自己以为还在的情况出现。或是出现相反的情况。而且该软件还可以先看到电泳后的情况，做一下就相当于已经理论上克隆过一次了。
List Window和List Files。List Windows中编辑好的文件存盘后就是List Files。在List Windows，List菜单中有两个直接有关菜单：
1、 点击New List Entry后，会在窗口左边部分多出一个人民币符号（表示当前激活的栏目）和另一个乱七八糟的符号。点击这个新增的栏目，在右边窗口填上Name、Sequence、Comments（可选）。其中的sequece是一段特异序列，可以是一个motif序列，也可以是限制酶识别序列，总之是一段你以后想要找的序列。如果是限制酶识别序列的话，就可以使用第二个菜单了。
2、 Define Cut Site。互补的两条核酸上下均有一个箭头，只要上下选择好酶切的地方，点击OK就好了。
通过以上两个菜单可以不断地增加序列，完成后，保存，取一个容易识别的名字。因为在使用时是用这个名字作为这些序列的整体出现的。
Construct Windows中使用List Files。菜单Construct->Features->Mark Sites/List Sites/Place Sites三个菜单出现的对话框的File就是选择list files的，点击它就可以看到多个可选文件名称。需要注意的是缺省文件的限制酶可能找不到你想要的酶，只要选择all enzymes就可以了，好象没有我找不到的酶。另外，所有的list files放在GCK Data folder，该folder可以通过File->Choose GCK Data folder更改。建议一般不要改动，如果改动过的话，请将GCK目录GCK Data目录下所有的list files拷过去。选择list files时是从GCK Data folder中选择文件的。
Construct->Display下有几个重要的开关。如选择的是hide sites的话，再去画位点就不会显示。建议出问题时多注意这个菜单的开关。
在open一个construct files后，选择序列或sites，经常有鼠标点不到的情况，其实是鼠标的位置向下移动过了。如要点击屏幕最顶端的标记，鼠标应在这个标记下方半厘米左右点击，才能选取。
在进行两个片段酶切和连接时，建议使用display sequence的方式，而且要让序列显示为双链形式，这样可以很容易地选择粘性末端的酶切片段。
软件没有通常的del这个命令，所有我们想象中的del命令可以通过选择标记后，使用clear命令来完成。
软件现有bugs地址： http://www.textco.com/gck2w-knownbugs.html
本文主要讨论一些实际上碰到的问题，如果你有任何软件附带tutor中没有的经验或有什么问题，可以联系作者hoyoyo@cenpok.net 。
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来源：BioLover原创
人气： 编辑：hoyoyo
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