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rasmol使用方法(2)
作者:swallowx 整理时间:2005-08-31
1. Backbone，ribbons，strands，trace
backbone可以将多肽链表示为通过C－碳原子相互连接的方式。Backbone加上数字可以控制化学键的粗细。如果想将化学键表示为虚线，可以用backbone dash的命令。可以用color backbone yellow将其着黄色。
与backbone类似的命令是trace，该命令将backbone表示进行了圆滑处理。Trace temperature的命令，可以用不同粗细来标示结构中温度因子的大小，温度因子越大，标示越粗。
Ribbons，和strands是二级结构的不同表示方法。Ribbons，strands后跟参数可以控制其宽度。
2. Background
可以用 background yellow将图形界面的背景着黄色。
3. Hbonds和Ssbonds
用该命令要求rasmol搜索氢键，rasmol可以报告氢键的数目。可以用hbonds on或hbonds off控制氢键在图形界面中的显示。也可以将氢键表示换成不同的颜色，用color hbonds yellow可以将默认的红色该为黄色。
Ssbonds用于表示二硫键，用法与hhbonds类似。
另外用color hbonds type，可以用不同的颜色表示不同距离范围内的氢键，比如用红色表示螺旋中的氢键，而黄色表示折叠间的氢键，而转角的氢键用洋红色表示。
4. Label
在选择某个残基后，要向对其进行标记，可以用label，同时通过Set fontsize来控制字体大小，用Set fontstroke控制比划宽度。比如选择R链40位的lys的NZ原子可以用：
select lys40:R.NZ
label lys40
color label yellow
就可以在NZ原子的位置表上lys40。
另外label后面跟不同的参数可以控制label的内容，比如：
%a 原子名称，如上例，将只显示NZ
%b %t 晶体学中的B－值或温度因子
%c %s 多肽链名
%e 显示元素名，上例就是N原子。
%i 结构文件中对应的原子号。
%n 结构文件中对应的残基名
%r 结构文件中对应的残基号
%M NMR Model Number (with leading "/")
%A Alternate Conformation Identifier (with leading ";")
用color label yellow 将用黄色标记。
5. Renumber
有时PDB文件中N-末端的第一个残基的位置不是从1开始，而是从其他数字开始，为了处理方便，可以用renumber将其该为1号开始。也可以在renumber后加数字来选择不同的起始。
6. Save
在选择了一些感兴趣的基团后，可以用save命令来保存所选择的基团的坐标。操作是save myfile.pdb。还可以跟不同的文件格式将它们保存为不同的结构文件，可以用save mdl(alchemy或xyz) myfile。
7. Script
如果进行了很多操作，最后想保留这些历史，可以用write script或write rasmol来保存，下次只要调用角本文件即可，操作是write script myfile。调用时可以用source myfile或script myfile。
8. Show
Show的功能较多，可以跟不同的参数，比如：
show information: 可以给出结构文件的信息，比如什么蛋白质，多少肽链等。
show phipsi: 给出所有的phi,psi角度。
show RamPrint： 给出拉氏图(rasmachandran plot)
show selected { group | chain | atom }：给出选择的内容。
show sequence: 给出氨基酸，核酸序列。
show symmetry： 给出晶体结构晶胞参数等。
show translation(rotation,zoom)： 在图形界面上平移,转动或缩放后，给出这些信息。
9. Structure
用该命令可以要求Rasmol计算二级结构(dssp算法)，可以给出螺旋，折叠的个数。如果PDB结构中有这些信息，将直接使用，而不通过计算。根据这些信息，rasmol定义了helix, sheet以及turn，因此可以用select helix等来选择二级结构，然后进行不同的操作。
10． 图形位置控制
a. Centre
控制旋转中心或滚动中心。比如 centre lys140，将中心从原来整个分子的中心转移至lys140上。
b. Rotate，translate
控制旋转角度，平移位置。比如分子绕x轴旋转10度，用rotate x 10，反向则用rotate x -10。translate的使用同rotate。
c. Zoom
控制缩放大小，比如zoom 100。
d. Reset
显示回到初始显示位置
11. 原子颜色的控制
rasmol有默认的原子颜色，比如碳原子用灰色表示。可以用下面的方式将其变为绿色：select carbon, color green.
12. rasmol的默认定义类
rasmol有自己定义的类，比如芳香族氨基酸对应aromatic,即如果想选择所有的芳香族氨基酸，可以直接用select aromatic。其他的还有:
AT Acidic Acyclic
Aliphatic Alpha Amino
Aromatic Backbone Basic
Bonded Buried CG
Charged Cyclic Cystine
Helix Hetero Hydrogen
Hydrophobic Ions Large
Ligand Medium Neutral
Nucleic Polar Protein
Purine Pyrimidine Selected
Sheet Sidechain Small
Solvent Surface Turn
Water
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来源：BioLover原创
人气： 编辑：hoyoyo
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·rasmol使用方法(1) [05-08-31]
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